Zvláště chráněná území

V oblasti přírodního parku Česká Kanada bylo vyhlášeno několik chráněných území, většina z nich je také v terénu označena. Přírodní rezervace, národní přírodní památky a přírodní památky jsou po obvodu značeny dvěma červenými pruhy. Je možné se zde volně pohybovat, je však zakázáno vstupovat do pobřežních porostů rybníků a močálů a na mokré louky, kde by mohlo docházet k ničení vegetace a k rušení hnízdících ptáků či dalších živočichů. Zakázán je také odchyt či sběr všech chráněných druhů. Zákaz platí i pro fotografování hnízdících ptáků.

Národní přírodní památky
Kaproun  (2,9 ha)
Přechodové luční rašeliniště.

Přírodní rezervace
Hadí vrch  (13,3 ha)
Zachovalé jalovcové porosty s acidofilním bylinným a keříčkovým patrem na balvanité suti.
Krvavý a Kačležský rybník (383,5 ha)
Rybníky s rákosinami, rašelinnými a vlhkými loukami. Ornitologicky velmi významné lokality. Vyskytuje se zde i řada zvlášť chráněných mokřadních druhů rostlin.
Skalák u Senotína (14,2 ha)
Zachovalé fragmenty luk svazů Calthion, Molinion, Violion caninae a mezotrofní rybník s vysokou diverzitou rostlin i živočichů.

Přírodní památky
Jalovce u Kunžaku  (0,3 ha)
Kompaktní jalovcové porosty jako doklad exetnzivního využívání kamenitých pastvin.
Jalovce u Valtínova (5 ha)
Kompaktní jalovcové porosty s typickým bylinným a keříčkovým patrem.
Dědek u Slavonic (2,7 ha)
Mezotrofní vrchovinný rybník s botanicky cenným pobřežím a vysokou druhovou pestrostí planktonu a dalších vodních organismů.
Rašeliniště Klenová (4,5 ha)
Lužní rašeliniště s řadou významných rostlinných druhů.
Velký Troubný (rákosní) rybník (8,2 ha)
Mezotrofní rybník s vysokou druhovou pestrostí vodních organismů a živočichů.